O primitivo Museu foi criado em 1987, num velho edifício à Graça, pela Companhia de Marionetas de S. Lourenço fundada por José Alberto Gil, músico, e Helena Vaz, marionetista e artista plástica. A Companhia dedicava-se à realização de espectáculos itinerantes pelo país e pelo estrangeiro, angariando diversos exemplares de marionetas que foram enriquecendo o espólio do Museu.